Науковій діяльності Інституту відповідає його структура, яка в 2018 р. представлена наступними науковими підрозділами:
- відділ токсикології;
- відділ фармакології клітинних сигнальних систем та експериментальної терапії;
- відділ фармакології:
- лабораторія фармакології протимікробних засобів;
- лабораторія фармакології ефекторних органів і систем;
- лабораторія онкофармакології; -
Державна лабораторія з контролю якості лікарських засобів;
- відділ медичної хімії;
- відділ науково-методичної, інформаційної та патентно-ліцензійної роботи.
На даний час колектив Інституту складає 138 співробітників; кількість наукових співробітників – 80; загальна кількість докторів наук – 15; кандидатів наук – 23; серед яких 2 члени-кореспонденти НАМН України, 7 професорів, 3 мають почесне звання Заслужений діяч науки і техніки України, 2 – лауреати Державної премії України (один із них є двічі лауреатом).