Науковій діяльності Інституту відповідає його структура, яка в 2012 р. представлена наступними науковими підрозділами:
- відділ загальної токсикології;
- відділ експериментальної терапії;
- відділ фармакології протимікробних засобів;
- відділ біохімічної фармакології;
- відділ фармакокінетики;
- відділ нейрофармакології;
- відділ фармакології протизапальних та анальгезуючих засобів;
- відділ фармакології серцево-судинних засобів;
- відділ онкофармакології;
- відділ патоморфології;
- відділ синтезу фізіологічно активних речовин;
- відділ прогнозування розвитку фармакологічних досліджень;
- Державна лабораторія з контролю якості лікарських засобів.
Загальна кількість працівників на 01.01.2013 р. становить 206 чол. Серед них 19 докторів наук, 39 кандидатів наук. Із докторів наук – 3 член-кореспонденти АМН України, 10 професорів, 3 мають почесне звання Заслужений діяч науки і техніки України, 2 – лауреати Державної премії України (один із них є двічі лауреатом).
Станом на 01.01.2013 р. в інституті навчається 13 аспірантів (5 - очної форми навчання та 8 – заочної). За спеціальністю “фармакологія” – 11, за спеціальністю “фармацевтична хімія та фармакогнозія” – 2.
