Научной деятельности Института соответствует его структура, которая в 2012 г. предствлена следующими научными подразделениями:
- отдел общей токсикологии;
- отдел экспериментальной терапии;
- отдел фармакологии противомикробных средств;
- отдел биохимической фармакологии;
- отдел фармакокинетики;
- отдел нейрофармакологии;
- отдел фармакологии противовоспалительных и анальгезирующих средств;
- отдел фармакологии сердечно-сосудистых средств;
- отдел онкофармакологии;
- отдел патоморфологии;
- отдел синтеза физиологически активных веществ;
- отдел прогнозирования развития фармакологических исследований;
- Государственная лаборатория по контролю качества лекарственных средств.
Общее количество работников на 01.01.2013 г. составляет 206 чел. Среди них 19 докторов наук, 39 кандидатов наук. Из докторов наук - 3 член-корреспондента НАМН Украины, 10 профессоров, 3 имеют почетное звание Заслуженный деятель науки и техники Украины, 2 - лауреаты Государственной премии Украины (один из них является дважды лауреатом).
По состоянию на 01.01.2013 г. в институте обучается 13 аспирантов (5 - очной формы обучения и 8 - заочной). По специальности "фармакология" – 11, по специальности "фармацевтическая химия и фармакогнозия" - 2.
